企智网络许多表征的蛋白质含有金属离子、有机小分子或修饰的残基。相比之下，基因组计划产生的大量数据完全由序列组成，几乎没有注释，结构基因组学计划的目标之一是为尽可能多的蛋白质/结构域折叠提供具有代表性的三维结构，以实现成功的同源性建模，然而，重要的功能特征，如金属配位或假体基团的类型，并不总是在同源蛋白中保守，到目前为止，生物无机蛋白的正确注释问题在很大程度上被生物信息学界所忽视。
尽管晶体学是研究蛋白质结构的单一信息量最大的方法，但就生物无机化学家而言，它具有许多局限性。沉积在PDB上的许多结构含有天然蛋白质中不存在的金属离子和分子。另一方面，除了文献数据库外，科学界无法以任何形式获得通过其他方法获得的生物无机/小分子中心的信息。本体论是对给定知识领域的概念的正式定义，以标准化形式描述。它可以以有向无环图或网络的形式组织为结构化词汇，其中每个术语可能是一个或多个父母的孩子。
1、蛋白质三维结构数据库的介绍蛋白质结构数据库(ProteinDataBank,简称PDB)是美国纽约Brookhaven国家实验室于1971年创建的。为适应结构基因组和生物信息学研究的需要，1998年10月由美国国家科学基金委员会、能源部和卫生研究院资助，成立了结构生物学合作研究协会(ResearchCollaboratoryforStructuralBioinformatics,
PDB数据库改由RCSB管理，目前主要成员为拉特格斯大学(RutgersUniversity)、圣地亚哥超级计算中心(SanDiegoSupercomputerCenter,简称SDSC)和国家标准化研究所(NationalInstitutesofStandardsandTechnology,简称NIST)。和核酸序列数据库一样，可以通过网络直接向PDB数据库提交数据。
2、pdb是什么意思pdb是数据库的意思。PDB文件是PalmOS操作系统上数据文件类型。一般在使用Palm系统的电子书时都会遇到这种文件，一般用于电子书或手机电子书pdb是PalmDataBase的缩写，PalmOS所用文件的扩展名为“。pdb”。PDB文件是在编译工程的时候产生的，它是和对应的模块（exe或dll）一起生成出来的。pdb文件可以使用一些特有的pdb阅读器打开。
PDB(ProgramDataBase)，全称为“程序数据库”文件，是VS编译链接时生成的文件。DPB文件主要存储了VS调试程序时所需要的基本信息，主要包括源文件名、变量名、函数名、FPO(帧指针)、对应的行号等等。因为存储的是调试信息，所以一般情况下PDB文件是在Debug模式下才会生成。PDB文件中记录了源文件路径的相关信息，所以在载入PDB文件的时候，就可以将相关调试信息与源码对应。
3、pdb数据库里的图片如何下载矢量图在PDB官网打开你想找的蛋白，在图下面的3DView里面打开Structure，可以在里面挑选结构、调颜色等等，在工具栏即可下载。希望以下回答能帮助您进入NCBI主页，选择BLAST，再选择pBLAST，数据库选择PDB，在文本框中输入序列即可！如您还有疑问可继续追问。
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